Fondata nel 529 da San Benedetto da Norcia sul luogo di un'antica torre e di un tempio dedicato ad Apollo, situato a 519m s.l.m., ha subito nel corso della sua storia una alterna vicenda di distruzioni, saccheggi, terremoti e di una conseguente ricostruzione.
Per tutto il medioevo fu un centro vivissimo di cultura ed i suoi monaci, con le biblioteche, le scuole di miniatura e di scrittura, gli archivi, conservarono molte opere dell'antichità. Infatti testimonianze storiche del più alto interesse e di sicura validità sono state raccolte e salvate: dai primi documenti in lingua volgare ai famosi codici miniati cassinesi, ai preziosi e rarissimi incunaboli.
Nel febbraio del 1944, durante le prime fasi della battaglia di Monte Cassino, un bombardamento massiccio delle forze alleate, che vi sospettavano la presenza di reparti tedeschi, lo distrusse nuovamente. Fortunatamente l'archivio ed i più preziosi documenti bibliografici erano stati posti in salvo. La ricostruzione iniziò subito dopo la fine della guerra, ed ha mirato ad una riproduzione esatta delle architetture distrutte.